Bojová činnosť v závere 2. svetovej vojny, ale najmä ustupujúca nemecká armáda, zanechali na území Slovenska veľké škody. Ničenie počas ústupu postihlo najviac železnice. Z 3506 km na Slovensku ležiacich železničných tratí bolo zničených 2490 km (672 km rozoraním, 1826 km výbušninami), t.j. 71,3%. Zvyšné trate netvorili súvislú sieť. Ďalej bolo zničených 798 mostov s celkovou dĺžkou 20032 m, vyše 1000 priepustov s rozpätím do 5 m a 29 staničných budov. Vážne poškodených bolo 31 tunelov a 144 staničných budov. Veľké škody boli spôsobené na oznamovacom a zabezpečovacom zariadení, vodárňach a rozvode vody pre napájanie rušňov. Ťažko bol decimovaný vozidlový park. Prevažná časť rušňov bola poškodená výbuchom trhavinovej nálože v peci rušňa. Ďalšie rušne boli zničené spolu s mostami a tunelmi, kam boli zatiahnuté pred výbuchom. Z celkového počtu 665 parných rušňov bolo po skončení vojny k dispozícii len 22. Park osobných i nákladných vozňov nedosahoval ani polovicu predvojnového stavu. Do cudziny bolo zavlečených 360 osobných a 2546 nákladných vozňov.
Na východnom Slovensku bolo ničenie najintenzívnejšie. V smere na západ sa rozsah ničenia znižoval. Nemecká armáda rýchlo ustupovala a na sústavné ničenie neostávalo toľko času.
Po oslobodení Košíc vypracovalo Povereníctvo dopravy a verejných prác plán rekonštrukcie slovenských železníc. Pre tento účel zriadilo povereníctvo 19.1.1945 Odbor pre rekonštrukciu železníc na Slovensku, ktorý bol neskôr premiestnený do Bratislavy. Plán rekonštrukcií obsahoval poradie dôležitosti opráv zničených tratí. Najprv sa opravovali trete potrebné pre postup armády, potom trate, na ktorých záviselo zásobovanie priemyslu a obyvateľstva (uhlie, materiál pre obnovu, potraviny) a napokon i ostatné železnice.
S rekonštrukciou železničných tratí sa začalo ihneď po prechode frontu. Trať Čop – Košice vojaci obnovili sami. Účinnú pomoc poskytovala sovietska armáda i pri obnoveďalších tratí (Kysak – Margecany – Štrba). Vyskytli sa však problémy s nižšími sovietskymi veliteľmi. Účastník SNP a prvých dní obnovy Vladimír Žikeš píše: „... ustálila sa tu naprosto nemožná prax, že velitelia Červenej armády považujú za korisť všetko, čo je majetok Nemcov alebo Maďarov bez ohľadu na to, že tento majetok bol pôvodne slovenský. Teraz prišla sovietska armáda a zabavila ho znova.“ Pre ilustráciu uvádza i jeden prípad zo železnice, „Má sa dať do prevádzky poškodená trať. Obyvateľstvo vypátra pred Nemcami ukrytú zásobu koľajníc a chce začať pracovať. Zástupca Červenej armády však vyhlási koľajnice za korisť a práca je znemožnená.“
Veľké problémy s obstarávaním materiálu i pracovných síl, charakteristické pre prvú etapu obnovy, ustúpili po vojenskom obsadení stredného a západného Slovenska. Pracovníkov i materiálu tu bol dostatok a obnovovacie práce bolo možné tiež lepšie koordinovať. Červená armáda v tejto oblasti spolupracovala so železničnou správou na obnove vojensky dôležitých tratí Szob – Bratislava – Kúty – Břeclav a Galanta – Jablonica – Kúty. Železničná správa potom prednostne opravila železnicu pre zásobovanie Bratislavy handlovským uhlím (prvé uhlie bolo z Handlovej do Bratislavy dovezené 5.6.1945) a potravinami z údolia Nitry a zo Žitného ostrova. V júli 1946 sa začalo jazdiť na trati Banská Bystrica – Bratislava a v auguste išiel prvý vlak i na trati Banská Bystrica – Košice. V tom istom mesiaci sa podarilo ukončiť aj opravu trate Bohumín – Čadca – Žilina – Bratislava, umožňujúcej dovážať na Slovensko tiež uhlie z ostravského revíru. V septembri bol aspoň provizórne sprevádzkovaný úsek Žilina – Strečno – Vrútky, umožňujúci dopravu uhlia z Čiech do Košíc (prvý vlak s uhlím sem dorazil 19.9.1945). Rekonštrukcia životne dôležitých tratí siete slovenských železníc bola ukončená v neskorú jeseň otvorením prevádzky na trati Červená Skala – Margecany a dôležitých moravsko-slovenských železniciach Púchov – Horní Lideč (v novembri) a Nové Mesto n. Váhom – Myjava (v decembri). Na každej trati bolo možné použiť traťový telefón od stanice po stanicu a jednu priebežnú linku.
Do konca roku 1946 bola obnovená celá železničná sieť, až na 64 km tratí. Druhé koľaje boli obnovené na 80% celej pôvodnej dĺžky, vedľajšie staničné koľaje a výhybky na 90%. Opravené boli všetky tunely a ostávalo neopravených už len 69 mostov a priepustov na druhých koľajách a na doposiaľ nezjazdných tratiach. Taktiež pozemné stavby boli obnovené takmer na 80%, z určitej časti však iba provizórne.
Po definitívnej obnove takmer úplne zničenej trati Strážske – Prešov, ktorej posledná časť v úseku Strážske – Pavlovce bola znova odovzdaná do prevázky dňa 30.11.1947, zostalo z celej železničnej siete neschodných už len 16 km tratí. Druhé koľaje boli v tom čae obnovené v úsekoch Poprad – Hybe, Vrútky – Žilina – Čadca, Horná Štubňa – Vrútky, Galanta – Gáň, Gbelce – Strekov a Bernolákovo – Vajnory, čím bolo obnovených 94% druhých koľají dvojkoľajných tratí. Obnova zničených vedľajších koľají a výhybiek bola vykonaná úplne. V rámci týchto prác bolo pravdepodobne ukončené zdvojkoľajnenie úseku Hrabušice – Gánovce, rozpracované zrejme ešte počas 2. svetovej vojny.
Dve tretiny opráv vykonala železničná správa vo vlastnej réžii (zamestnávala pritom približne 21000 zamestnancov), zvyšnú časť vykonali dodávateľské firmy. Veľkú pomoc pri oprave mostov poskytli Železiarne v Podbrezovej a Prakovciach, Zbrojovka v Považskej Bystrici a ďalšie podniky. Do obnovovacích prác bolo celkovo zapojených približne 250 tisíc pracovníkov, medzi nimi i vojaci a väzni.